Teroristička grupa Haqqani Network počela se pojavljivati u izvještajima obavještajnih agencija koje su djelovale u Afganistanu i Pakistanu od 2004. do 2005. godine. Ime mreže povezano je s imenom terenskog zapovjednika Jalaluddina Haqqanija, koji se borio protiv sovjetskih trupa.
Za vrijeme boravka sovjetskih trupa u Avganistanu, Jalaluddin Haqqani bio je poznati terenski zapovjednik, podržala ga je američka Centralna obavještajna agencija pružajući financijsku pomoć.
Nakon povlačenja sovjetskih trupa, nastavljen je građanski rat u Afganistanu. Haqqani je bio uključen u nekoliko velikih operacija, njegov autoritet je znatno porastao. 1992. godine sudjelovao je u mirovnim pregovorima zaraćenih strana, a zatim je postao ministar pravde Afganistana i na toj je dužnosti bio četiri godine.
Nakon zauzimanja Kabula od strane talibana 1996. godine, Haqqani je prešao na njihovu stranu i imenovan ministrom graničnih poslova. U praksi je to dovelo do činjenice da je u potpunosti kontrolirao provinciju Paktiu, u kojoj su bili smješteni kampovi za obuku al-Qaede, koje su Amerikanci kasnije uništili. Nakon početka američke operacije protiv talibana, Haqqani je počeo zapovijedati njihovim oružanim snagama, ali nije mogao pružiti otpor napadačima. Talibani su poraženi, Haqqani je počeo voditi gerilski rat, a Amerikanci su ga ubrzo proglasili jednim od šest najtraženijih terorista Talibana.
Haqqanijeve akcije protiv vladinih snaga i američke vojske bile su vrlo uspješne, od sredine 2000-ih, izvještaji iz Afganistana počeli su spominjati "mrežu Haqqani", što je ukazivalo na povećani utjecaj ovog vojskovođe. Od 2006. godine, zajedno sa Haqqanijem, njegov sin Sirajuddin (Siraj) bio je zadužen za mrežu. Od 2007. godine Siraj je upravljao grupom u vezi sa pogoršanjem zdravlja njegovog oca. Blisko povezana s talibanima, teroristička grupa Haqqani ipak je djelovala neovisno i nikada se nikome nije podvrgla.
Ubrzo, vodstvo "Haqqani mreže" već je uključivalo nekoliko članova porodice njenog osnivača i brojne terenske zapovjednike, grupa je kontrolirala nekoliko provincija Afganistana. Od 2008. godine grupa je počela koristiti bombaše samoubice za izvođenje terorističkih napada, američke vlasti počele su je smatrati najvećom prijetnjom američkim trupama u Afganistanu. Prema obavještajnim službama, broj članova mreže u 2010. godini kretao se od 4 do 15 hiljada ljudi. Bilo je teško preciznije procijeniti broj militanata zbog zatvorene prirode grupe.
Od 2008. godine, sina osnivača grupe, Siraja Haqqanija, Sjedinjene Države uvrstile su na listu terorista; od 2009. godine najavljena je nagrada od pet miliona dolara za informacije o njemu. Narednih godina Nasiruddin Haqqani, Khalil al-Rahman Haqqani i Badruddin Haqqani dodani su na listu terorista.
Američke se vlasti dugo vremena nisu usuđivale zvanično uvrstiti "mrežu Haqqani" u broj terorističkih grupa, jer su se još uvijek nadale da će se dogovoriti s vođama tako utjecajnog pokreta. Obavještajne službe zemlje čak su održavale sastanke s predstavnicima mreže, ali nisu uspjele postići bilo kakav dogovor.
Situacija se konačno razjasnila u septembru 2011. godine, kada su teroristi iz mreže Haqqani napali sjedište NATO snaga i američku ambasadu u Kabulu. 16 ljudi postalo je žrtvom napada. Postalo je jasno da s teroristima neće biti moguće postići sporazum, a u septembru 2012. objavljeno je da su Sjedinjene Države na listu terorističkih grupa dodale mrežu Haqqani.
